Dos veces ha jugado Deportes Concepción la Copa Libertadores, dos veces ha avanzado a octavos de final del máximo torneo continental. Primero con el formato de dos equipos de un país en el mismo grupo, luego con el actual, dejando afuera a San Lorenzo de Almagro, a la postre campeón de Argentina con Manuel Pellegrini, haciendo puntaje récord. Todo un mérito lila.
Concepción siempre ha clasificado sufriendo, a la Copa y a segunda ronda, pero lo ha hecho con la “fuerza, garra y corazón” que lo caracteriza y que pronto lo tendrá de regreso en el fútbol profesional. La primera vez fue en 1991. Equipazo el del 90 con Villamil, Miranda, Almada, Ardiman, Papudo Vargas, Carlos Fuentes, entre otros, que clasificó en la agonía a la Copa del 91.
Gracias al explosivo aporte goleador de Juan Carlos Almada, Concepción logró clasificar al minitorneo de 1990. La liguilla se disputó íntegramente en Santiago, y el equipo fue dirigido en la ocasión por Luis Vera, que había reemplazado al renunciado Fernando Cavalleri. Luego de una categórica derrota por 0-4 ante Universidad Católica en la primera jornada doble, los lilas se recuperan derrotando por 3-0 a O’Higgins y 2-0 a Unión Española. El último partido del minitorneo, que se disputaba en el Estadio Nacional entre Universidad Católica y O’Higgins, era el decisivo en determinar quién sería el acompañante de Colo-Colo en la Copa Libertadores. El empate final 2-2 terminó clasificando sorpresivamente a Deportes Concepción, que accedió a su primer torneo internacional.
Ya para el torneo se reforzaron con Óscar Lee Chong, Jorge Carrasco, Héctor Adomaitis, el uruguayo Héctor Correa, José Perez, entre otros, y el DT sería Jorge Luis Siviero. En el torneo continental, el equipo logró acceder a segunda fase, merced a sus triunfos como local sobre Liga de Quito (3-0) y Barcelona S.C. (1-0), ambos equipos ecuatorianos y dos empates: uno, como local, ante el que sería campeón del torneo, Colo-Colo (0-0) y otro, como visita, frente a Barcelona S.C. (2-2).
En la segunda ronda, los lilas enfrentaron al América de Cali en un Estadio Municipal de Concepción sumido en una espesa niebla, cayendo derrotados por 3-0. En la revancha, jugando en San Cristóbal, Venezuela, conquistaron un empate 3-3, que de todas formas los dejó fuera de competencia. El equipo había hecho una digna presentación y le entregaría al futbol chileno grandes figuras como Almada, Adomaitis, Ardiman, Carlos Fuentes y Óscar Lee Chong, además de devolver al primer plano a Marcelo Miranda y Nicolás Villamil, dos ex Universidad de Chile.
Su segundo participación fue en 2001, otra vez clasificando con sufrimiento en la liguilla y dejando afuera a la UC. El minitorneo se jugó a partidos únicos con eliminación directa y en cancha neutral. Los lilas eliminaron por 1-0 a Audax Italiano con gol de oro en tiempo extra y luego disputarían una recordada final con la Universidad Católica. Concepción ganaba 2-0 hasta los 30 minutos del segundo tiempo, con dos goles de Mauricio Pozo, cuando los cruzados lograron empatar el partido. Transcurridos 8 minutos del primer tiempo extra, Luis Chavarría convirtió un legendario gol de cabeza, que dejó a los lilas por segunda vez en la Copa Libertadores de América. Este triunfo permitió a Concepción acompañar al campeón Universidad de Chile y a Cobreloa en la Copa Libertadores 2001.
La clasificación había sido un milagro, ya que el equipo arrastraba problemas económicos desde hace mucho tiempo. De hecho, de ese equipo que logró la clasificación partieron Nelson Cossio (Unión Esañola / Arica), Mauricio Pozo (Cobreloa), Luis Chavarria (Universidad de Chile), Roberto Cáceres (Universidad de Chile), Mario Vargas (Huachipato), entre otros.Para reemplazarlos necesitaron aportes externos y llegaron Carlos Fernando Navarro Montoya y Diego Soñora, ambos ex Boca Juniors, el brasileño Marcos Paulista, que jugó poco y nada, además de Cristián Montecinos. Ese año explotaron Darwin Pérez, Víctor Cancino, Patricio Almendra y Carlos Verdugo, luego seleccionados, además de Jorge Torres, otro que llegó a la Roja. Marco Bautista, Mauro Donoso, Leo Bascur y Luis Aravena siguieron haciendo su trabajo.
En la primera ronda, tras un dubitativo inicio que detonó en la salida temprana del técnico Sergio Nichiporuk y el segundo retorno de Fernando Cavalleri, los morados empataron como locales ante Nacional (0-0) y lograron derrotar a San Lorenzo de Almagro (3-2), entonces dirigido por el chileno Manuel Pellegrini, en un vibrante partido que terminaría con incidentes. En el partido final del grupo, los lilas vencieron por 3-0 a Jorge Wilstermann, accediendo a segunda fase en este último partido con un gol de cabeza de Marco Bautista en el minuto 88, merced al empate 1-1 entre Nacional y San Lorenzo de Almagro, que se jugaba de manera simultánea, algo parecido a lo sucedido con el propio San Lorenzo, en el grupo que compartía con Universidad Católica este año.
En segunda ronda, Deportes Concepción fue eliminado por los brasileños del Vasco da Gama, cayendo 1-3 en el Estadio Municipal de Concepción y 0-1 en Río de Janeiro ante el equipo comandado por Romário y Juninho Paulista.
Los lilas habían logrado su tarea y ante los brasileños llenaron el estadio ante el equipo de Romario, uno de los grandes hitos del estadio de Collao. Hitos cada vez más efímeros, ya que a esta altura ningún equipo chileno pasa a octavos. Concepción lo hizo siempre. Cuánto se les extraña.